台灣的書院教育與官學制度，在日據時代，受到日本公學校與新式教育的競爭，以及官方的禁絕與抑制，遂逐漸沒落。在日據初期，總督府常將傳承中國傳統文化的書院，轉做其他用途使用，如將書院建築轉做軍事囤駐所或政府機關辦公地點、官吏宿舍等，或隨日語教育的推廣，充當日式教育的教學場所(註4)。
仰山書院的建築，在日治初期，曾被移作警察署與警察官吏宿舍使用(註5)，原本書院右側的廂房整個被拆毀(註6)，改建為日式宿舍，現在還可見部分日式宿舍時期留下的房舍。在1905年（民國前七年），文昌宮被移作為公學校的教室，原設置在現在宜蘭市公所位置的宜蘭公學校，將孔子廟分教室遷移至文昌宮(註7)，一年級的男女學生都遷移到此上課(註8)。祀奉文昌君及關聖帝君的兩個主殿與五夫子祠作為教室(註9)，前方的廟埕則是小學生的運動場(註10)，剩下的書院建築則教授漢學。
1918（民國七年），宜蘭女子公學校從宜蘭公學校分出，移至文昌宮與仰山書院上課，開學典禮就在文昌宮內舉辦，當時設有5個班，學生251人，直到1923年 (民國12年)，宜蘭女子公學校的新校舍（現在的宜蘭國小）建築完成，才將學生移出(註11)。之後的年代裡，文昌宮與仰山書院的空間，回復為單純的地方信仰中心，但由於原有書院管理機制被破壞，整體環境逐漸沒落。
註4 鄭梅淑碩士論文，1988，日據時期台灣公學校之研究。
註5 郭嘉雄，＜清代台灣書院沿革初稿＞，《台灣文獻》，第三十八卷，第二期，1987年。
註6 20070315許文漢訪談。
註7 宜蘭縣文獻委員會，1972，宜蘭縣志卷五教育志教育設施篇續篇，宜蘭縣政府，p19
註8 林正芳，宜蘭市志，宜蘭市公所，p106台灣日日新報，明治38-07-21，教場遷移。
註9 林正芳《宜蘭市志大事記 上》2003 頁：106
資料來源：http://enews.lym.gov.tw/content.asp?pid=32&k=134
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| 日據時代將文昌宮與仰山書院移做公學校分教室的平面配置圖 |
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| 1914年的文昌宮與仰山書院 |
